Hej,
kika gärna på gymnasieGuiden.se/merit - Hur många meritpoäng du får beror bland annat på vad för särskild behörighet som krävs till den högskole-universitetsutbildning som du söker till. OBS! några få svenska högskoleutbildningar accepterar, över huvudet taget, inga meritpoäng. Men de flesta svenska lärosäten accepterar meritpoängen. Moderna språk 4 krävs inte för särskild behörighet till någon svensk universitetsutbildning och därför ger godkänt betyg i den kursen 1.0 meritpoäng (oavsett vilken utbildning man söker till... under förutsättningen att lärosäte/utbildningen accepterar meritpoängen). Och detsamma gäller engelska 7.
Vad gäler moderna språk 3 så finns det utbildningar som, för särskild behörighet, kräver godkänt betyg i moderna språk 3 t.ex om man vill utbilda sig till språklärare. Och om kursen krävs för särskild behörighet då ger inte den kursen meritpoäng.
Vad gäller matematiken, så beror även här på vilken utbildning du söker till. Söker du till juristprogrammet där matte ej krävs för särskild behörighet, då får du + 0.5 meritpoäng för matematik 2 och ännu + 0.5 för matematik 3 (godkända betyg så klart). 
Men söker du till socionomprogrammet där matte 2 krävs för särskild behörighet, då får du meritpoängen från matte 3 och högre kurser. Söker du till ekonomiutbildningar eller utbildning till fastighetsmäklare där matte 3 krävs för särskild behörighet då kan du få meritpoäng för matte 4 och ännu högre kurserna i ämnet matematik.
Därför kan det bli så att du i samma ansökan får olika meritvärden (om utbildningar du söker till kräver, för särskild behörighet, olika kurser).
Jag hoppas att du nu fick svar på din fråga. Jag vill också säga att du inte behöver (själv) räkna fram ditt meritvärde; det kommer antagning.se göra. Om det du eller jag räknar fram skiljer sig från det som antagning.se får fram, gäller det som antagning.se fick fram. Det är deras tolkning av reglerna som gäller.