Hej,
skolverket rekommenderar att gymnasieskola (ofta SYV på skolan) skriver in kurserna på förhand, innan kurserna påbörjas, i elevens individuella studieplan och de kurser som ska läsas som U/utökat program ska stå i elevens gymnasieplan markerade med "U" innan kursen börjar. Och sedan utfärdar gymnasieskola elevens examensbevis enligt hur den individuella studieplanen ser ut; så ska man göra enligt skolverket. Att läsa utökat är inte elevens rättighet utan det krävs rektors beslut om det. Och i det beslutet bör framgå vilken eller vilka kurser som den här eleven ska läsa som U-kurser (utökat program). Sedan, om enskilda gymnasieskolorna "fixat och trixar" med elevernas examensbevis för att eleven ska få så högt meritvärde som möjligt, händer men det går mot det som skolverket rekommenderar. 
Matematik specialisering och Fysik "specialisering" krävs inte för behörighet till någon svensk universitetsutbildning (vad jag vet i alla fall). Bra att du vill lära dig mer! Det kan du dock göra även utanför skolan genom självstudier och på andra sätt (då behöver du definitivt inte oroa dig över betygen).
Exakt hur ditt examensbevis kommer se ut och vilka kurser som blir U-markerade kan inte jag ha någon som helst uppfattning om (förutom att de kurser som är obligatoriska för programmet och den nationella inriktningen för ej bli U-kurser). 
Allmänt, så rekommenderar vi att undvika läsa utökat program (och koncentrera sig på sina "vanliga kurser" som uppgår till 2500 poäng). Då läser eleven "endast på heltid" = studieinsats 40 timmar per vecka. Att läsa på mer än heltid är ett undantag. Visst finns det särbegåvade elever som är jätteduktiga och har extremt lätt för sig i skolan som blir uttråkade om de endast läser på "vanligt sätt", på "endast" heltid. Det är som sagt ett undantag. 
Mitt råd är att du tittar i din individuellt studieplan där du bör se vilka kurser som du ska påbörja läsa som U-kurser. Att göra ändringar i elevens individuella studieplan retroaktivt går emot skolverkets rekommendationer. Hur varje enskild gymnasieskola gör kan jag, som sagt, inte redogöra för. Väljer de gå emot reglerna och rekommendationerna, då får det stå för de som gör det.