Hej Mia,
godkända betyg i fysik1a, kemi1 och biologi1 ersätter (tillsammans) godkänt betyg i naturkunskap 2. Om eleven har godkända betyg i fysik1a, kemi1 och biologi1, så har eleven redan läst all innehåll i kursen naturkunskap 2 och "där utöver", alltså mer och djupare kunskaper har eleven i de naturvetenskapliga ämnen än kursen naturkunskap 2 avser att ge. 
Biologi2 har, enligt min mening, inte med den saken att göra, över huvudet taget. 
Det blir dock en intressant situation om eleven har F i fysik1a och en av kurserna: antingen kemi1 eller biologi1, men har och kommer ha godkända betyg i alla andra kurser. I så fall har eleven 250poäng betygsatta med F och i fall hen har alla andra betygen godkända, så kommer hen få ut examensbevis, och i ett sådant examensbevis där endast (av de naturvetenskapliga ämnen, bortsett från ämnet matematik) endast kemi1 ELLER biologi1 ingår, så får rektorn fatta beslut om även naturkunskap 2 får ingå. I det fallet blir den en bedömning som rektorn/huvudman får göra. I så fall skulle "överlappningen" (alltså samma innehåll i kurserna) bli inte så stor (på max 30 gymnasiala poäng, är min uppskattning...) och enligt vad vi fick i svar från skolverket och vad vi själva också kommit fram till, så är det inte direktförbjudet (på grund av överlappningen inte är så stor).
Du skriver om att Biologi 2 är en obligatorisk kurs. Den är obligatorisk på inriktningen Naturkunskap på NA, ej på inriktningen Natur-och-sam. Det kan man se i programplanen för NA >> - kursen Biologi2 är inriktningskurs på inriktningen Naturkunskap och med det är en obligatorisk kurs för elever som läser den inriktningen.
Ännu en intressant situation uppstår om eleven har F i fysik1a, kemi1 och biologi1. Det är sammanlagt 350 poäng och eleven kommer ej uppfylla kraven för examensbevis. Om en sådan elev vill läsa naturkunskap 2 och skolan har möjlighet att ge kursen, då är det inte förbjudet för eleven att läsa kursen; hen kommer ju ändå få ut endast ett studiebevis, men kan sedan på komvux komplettera upp till examensbevis. Jag antar att en sådan elev har som mål att komma in på en utbildning där naturkunskap 2 krävs för särskild behörighet, t.ex på utbildning som leder till yrken som Sjuksköterska, Arbetsterapeut, Fysioterapeut, Djursjukskötare, Arkitekt ,... men du frågar om Naturkunskap 2 får ingå i examensbevis från NA, och svar på den frågan är allt som oftast - NEJ, men det kan "inträffa" ovanliga situationer, t.ex om eleven har tidigare bytt program och det finns rektors beslut om Individuellt anpassat program, så får det enligt det beslutet finnas kurser som är "utbytta" och i så fall kan det inte uteslutas att kursen naturkunskap 2 är inkluderat, t.ex i stället för kemi1 och biologi1. I så fall bör det stå i rektorns beslut om vilka kurser som "ersätts" med vilka andra. 

Sammanfattning
Som regel får inte naturkunskap 2 ingå i examensbevis från NA-programmet på gymnasieskolan, men det kan finnas undantagssituationer och det kan finnas elever som fått examensbevis från NA där kursen naturkunskap 2 ingår. Men om det i examensbevis kommer ingå godkända betyg i kurserna fysik1a, kemi1 och biologi1 då får man definitivt inte ha naturkunskap 2 i samma examensbevis (detta på grund av den "totala överlappningen"). 
Du får annars kontakta skolverket, och skulle det vara så att du får ett annat svar från skolverket, hör gärna av dig till oss. Tolkning av reglerna kan ändras över tid och nya riktlinjer och undantags-fall kan också dyka upp. :)