Hej,
yrken Utredare på FK och Utredare på Skatteverket är i Sverige icke-reglerade, vilket betyder att det är helt upp till en arbetsgivare att välja med vilken utbildning de anställer. Arbetsgivare brukar önska att man har "någon form av högre-universitets-högskole-utbildning" som är på 3 år eller längre men kan anställa även med annan bakgrund. T.ex finns det exempel på att man med endast gymnasiekompetens i bagaget fick jobb som Handläggare på t.ex Försäkringskassan och sedan, efter några år, har "avancerat" till utredare (kanske inte väldigt vanligt men kan hända...), och det har också hänt att man får anställning som utredare, direkt, utan att ha läst på högskolenivå men om man "i stället" har under längre tid jobbat som utredare åt ngt försäkringsbolag, så det är väldigt svårt att ge råd kring vilken utbildning man bör skaffa sig. 
Du får gärna kika på platsannonserna (annonser om lediga jobb) för att se vad som står under Kvalifikationer ("din utbildningsbakgrund") på de jobben som du är intresserad av.
Vad gäller få jobb som Utredare på Skatteverket  så är det, enligt vår erfarenhet, fördelaktigt att ha högre utbildning i Ekonomi och/eller Juridik. 
*** 
Men som "direkt svar på din fråga" vad är skillnaderna mellan de två universitetsprogram som du är intresserad av, så råder jag dig att titta på Kursinnehåll i programmen, att kontakta studievägledare på de programmen och kanske också ta kontakt med studerande ambassadörer och, om du vill och kan boka bli "studerande för en dag" för att vara med på respektive program, träffa de som läser det, sitta på några föreläsningar och få en känsla på hur det är att läsa just den utbildningen. 
Tänk också på att du måste helst kunna "leva med att du inte blir utredare på en myndighet", oavsett vilken utbildning du går. Det kan t.ex bli så att ingen tjänst utannonseras på flera år eller att du söker men inte får den... Eftersom "kravbeskrivning" kring kvalifikationerna är så "vag" kan arbetsgivare anställa i princip "vem som helst" och det brukar bli många sökande på varje tjänst. Är det några med examen från juristprogrammet som söker, så brukar de ha "företräde"; arbetsgivare som anställer Utredare på FK och Utredare på Skatteverket brukar i första hand välja (bland tusentals sökande) de som har Juridisk utbildning, ekonomisk utbildning och helst också även erfarenhet av att redan ha arbetat med utredningar (inom sin tidigare livserfarenhet, t.ex med utredningar på ett försäkringsbolag).
Varför antagningsgränserna till en av utbildningarna är lägre än till den andra, kan vi här på FRåGA SYV inte svara på; det kan bero på att en av utbildningarna har fler studieplatser (och då brukar antagningsgränserna vara lägre) eller att den andra utbildningen är, av någon anledning, mer populär. Du får gärna ställa den frågan till personal på institutionerna där utbildningarna ges och till antagningsgrupperna på lärosätena.
Hoppas någonting i mitt svar blir till hjälp!